Perustusrakenteet jäävät yleensä piiloon maan pinnan alapuolelle ja tästä johtuen niiden merkitys usein unohtuu omakotiprojektia suuniteltaessa. Perustus on kuitenkin rakennuksen tukijalka, johon kaikki yläpuoliset rakenteet tukeutuvat ja jonka toimivuus ja luotettavuus on ensiarvoisen tärkeää rakennuksen kestävyyden ja käyttöiän kannalta. Etenkin rakentaminen pehmeiköille hienorakeisten ja eloperäisten maakerrosten alueilla vaatii asiantuntemusta. Riittävien pohjatutkimsten perusteella voi asiantunteva pohjarakennussuunnittelija valita perustamistavan, joka vastaa rakenteen ja pohjamaan vaatimuksia myös pehmeiköillä. Tällaisia perustamistapoja ovat esimerkiksi perustaminen paalujen varaan tai perusanturoilla massanvaihdolle.
Paalutus
Yhä useammin pientalotontit on kaavoitettu pehmeiköalueille, joissa maapohjan kantavuus ei ole riittävä maanvaraisille perustuksille. Tavanomaisin perustamisratkaisu on tällöin paaluperustus. Paalutustapoja ja paalutyyppejä on monia, joista useimpia voidaan soveltaa myös omakotirakentamiseen. Oikean paalutyypin ja paalutusmenetelmän valinta riippuu rakennuspaikan pohjasuhteista ja ympäröivistä rakenteista. Perinteisten teräsbetonisten lyöntipaalujen lisäksi voidaan käyttää myös lyötäviä tai porattavia teräspaaluja. Teräspaalujen valmistajilla on erityisesti pientalojen perustamiseen suunniteltuja paalukokoja ja teräspaalujen asennukseen erikoistuneita urakoitsijoita, joiden käytössä oleva asennuskalusto on kevyttä. Kevyt kalusto mahdollistaa alhaiset mobilisaatiokustannukset, operoimisen ahtaillakin tonteilla ja vähäiset ympäristövaikutukset.
Paaluperustusten yhteydessä käytetään kantavaa alapohjaa. Paaluille perustettu rakennus ei painu vaikka ympäröivä maa painuisikin. Tästä syystä maata vasten rakennettujen kantavien alapohjien alle muodostuu helposti tuulettumaton tyhjä tila painuvan maanpinnan ja tukevasti paalulle perustetun kantavan alapohjan väliin. Tuulettamaton tila rakennuksen alla on lämmin ja kostea homepesä, joka on riski sekä rakenteille että asukkaiden terveydelle. Tästä syystä alapohja tulisi alunperin suunnitella hyvin tuulettuvaksi ryömintätilalliseksi rakenteeksi.
Ympäröivän maan painuminen on otettava huomioon erityisesti liittyviä rakenteita, kuten viemäreitä ja vesijohtoja sekä pihan rakenteita suunniteltaessa. Painuminen saattaa aiheuttaa esteettisiä virheitä ja putkivetojen rikkoontumisia, mikäli mahdollisia painumaeroja ei oteta rakenteissa huomioon.